数据质控报告

1 测序reads统计

测序reads统计如下表:

表1 测序数据统计

TypeValues
Number of ReadsXXX
Reads with Valid BarcodesXXX
Number of BasesXXX
Bases with Valid BarcodesXXX
Full Length RateXXX
Mean LengthXXX
N50XXX
Mean QscoreXXX

注:
Number of Reads:reads总数;
Reads with Valid Barcodes:包含有效Barcode的reads数 ;
Number of Bases:碱基总数;
Bases with Valid Barcodes:包含有效Barcode的reads碱基数;
Full Length Rate:全长比例;
Mean Length:reads平均长度;
N50:reads的N50长度;
Mean Qscore:平均质量值。

reads长度与质量分布图,如下所示:

2 数据比对

比对结果统计如下表:

表2 比对结果统计

TypeValues
Reads Mapped to GenomeXXX
Reads Mapped to Intergenic RegionsXXX
Reads Mapped to Intronic RegionsXXX
Reads Mapped to Exonic RegionsXXX
Reads Mapped to TranscriptomeXXX

注:
Reads Mapped to Genomes:比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped to Intergenic Regions:比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped to Intronic Regions:比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped to Exonic Regions:比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped to Transcriptome:比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。

3 图像处理

每个玻片上都有Spots,实验时被组织切片覆盖,但是切片只会覆盖到部分Spots,实验时也只会获得覆盖区域下Spots中的基因表达。

he_roi_small.png

图1 组织切片HE染色图

4 Spots统计

空间转录组的基因表达定量,主要基于UMI计数来实现的。通过UMI可以区分一条read是属于生物学重复还是技术重复,能够有效地去除PCR效应。对每个Barcode下的基因去除重复的UMI,统计unique UMI数目即表示细胞基因的表达量。分析统计如下:

表3 Spots统计

TypeValues
Sequencing SaturationXXX
Percent of Spots Under TissueXXX

注:
Sequencing Saturation:测序饱和度;
Percent of Spots Under Tissue:切片组织下Spots的比例。

表4 不同水平Spots统计

LevelXXX
Number of SupSpotsXXX
Median UMI Counts per SupSpotXXX
Median Genes per SupSpotXXX
Total Genes DetectedXXX

注:
Level:分辨率水平;
Number of SupSpots:一个或多个spot合并成的supspot个数;
Median UMI Counts per SupSpot:每个SupSpot的UMI中位数;
Median Genes per SupSpot:每个SupSpot中基因数目的中位数;
Total Genes Detected:基因总数。

roi_umi_count_small.png

图2 组织UMI count统计图

Spatial Barcode与转录本信息对应表如下所示。

表5 Barcode与转录本信息对应表

BarcodeGeneUMI数UMI序列reads数reads id
Barcode-Gene-Line1
Barcode-Gene-Line2
Barcode-Gene-Line3
Barcode-Gene-Line4
Barcode-Gene-Line5
5 分辨率水平说明

百创S1000芯片可实现多级分辨率分析。通过调整supspot level参数,选取不同大小的spot点数作为分析单元,可以实现不同分辨率的数据分析和数据挖掘,最高分辨率supspot level 1可达到5μm亚细胞水平。

表6 supspot level分辨率表

SupSpot Level分辨率Spot点数
13100μm469
750μm127
642μm91
535μm61
427μm37
320μm19
210μm7
15μm1

level2.png

图3 supspot level与spot点数图