产品简介
百创S1000（BMKMANU S1000）是由百迈客生物研发而来的基于微孔微珠上Spatial Barcode实现对组织切片mRNA分子捕获的亚细胞级空间转录组芯片。百创S1000可以广泛应用于生物器官发育、神经科学、免疫感染、胁迫应激、生物遗传进化等生命科学领域的研究。
百创S1000优势
多级分辨率调整
百创S1000空间转录芯片结果支持从100μm-4.8μm动态调整。
保留HE染色
百创S1000空间转录芯片保留原片HE染色，结合高分辨率的spots聚类，能得到更为精准的结果。
捕获区域灵活定制
百创S1000空间转录芯片支持1-8个捕获区域的灵活订制。
亚细胞分辨率
哺乳动物体细胞平均直径为10μm，百创S1000空间转录芯片分辨率达到了4.8μm，到达亚细胞级别.
更好兼容Nanopore三代数据
二代与三代数据的UMI/Gene counts per spot的相关性还是tSEN/UMAP的降维聚类，都显示具有非常高的一致性。这充分说明百创S1000-Nanopore全长转录组产品完全可以独立进行数据的拆分与挖掘分析，无需依赖NGS数据的校正。
Nanopore有效拆分了接近50%
| Nmuber of Reads | Number of Base | Reads with Valid Barcode | Bases with Valid Barcodes | N50 | Bases Mapped to Transcriptome And with Valid Barcode |
| 105,553,898 | 70,516,281,320 | 73.85% | 73.42% | 740 | 49.55% |
UMI counts per spot
Gene counts per spot
技术原理
在6.8mm * 6.8mm的捕获区域内有约220万个直径2.5μm的微孔，将布满oligo（R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN）直径2.5μm的微球随机嵌入到微孔之中，形成阵列，相邻两个微珠的中心距离为4.8μm。Spatial barcode 种类有为5600万种，提供了更为长的sptail barcode长度，约为70bp，这能更好的兼容三代测序，能大幅提高nanopore数据的BC识别效率。
技术流程
百创S1000部分实测数据
实例一：大鼠胚胎组织
百创S1000分辨率最高可达到4.8µm，相比目前主流空间转录组测序芯片精度提高了近400倍，高分辨率下HE染色组织形态学与spots聚类空间分布图重合度更高，可以更加精准识别空间基因表达的异质性和组织区域的特异性。
百创S1000芯片spot直径为2.5μm, 可针对组织亚群在多级分辨率下再聚类分群，高分辨率下组织区域聚类结果增多。
实例二：百创S1000-Nanopore三代全长
可变剪切分析
融合基因分析
实例三：百创S1000在不同样本中的实测结果
经过不断地研发测试，百创S1000以完成多项样本测试，实测数据也表明百创S1000在广泛样本上都拥有较好的表现。