百创DG1000单细胞微液滴平台

产品简介

百创DG1000利用Droplet、油滴包裹、Barcode等技术实现高通量的细胞捕获。可在短的时间内(110S)完成油包水的过程;仪器设计轻巧便携;仪器使用的百创C1000芯片2×4独立芯片,可根据上样数量进行灵活调整;同时本产品还具有配套的分析软件BSCMatrix。

百创DG1000优势

优势4

轻巧便携

易于异地化使用
优势3

快速运行

110S内完成微液滴生成
优势2

上样灵活

独立2*4芯片
优势1

更大细胞直径兼容

已成功支持到60µm

技术流程

捕获探针

种类约为88万种,每个胶珠之上有千万级的探针,每条探针包括四个部分,通用测序引物R1,cell barcode,UMI,poly(dT)VN ,这里我们设计了更长的CB有54个bp,更长的CB可以更好的去兼容三代测序,尤其是ONT测序,可以提升识别效率。

外包科研服务与自己操作区别

    单细胞测序流程 外包科研服务 自己操作
    实验周期 〜10d 1〜2d
    分析周期 〜10d 1〜2d
    是否需要运输 运输时间需1〜2d,可能导致细胞活性较低 不需运输,现场解离,细胞活性高

实测数据

1、测序reads统计

测序reads统计如下表:

    1 测序数据统计

    Type

    Values 221020-4-2

    Values 21020-8-7-1

    Number of Reads

    399,967,594

    378,584,610

    Valid Barcodes

    339,047,468

    323,897,836

    Valid UMIs

    395,738,572

    374,651,123

    注:
    Number of Reads:reads总数;
    Valid Barcodes:包含有效Barcode的reads数;
    Valid UMIs:包含有效UMIs的reads数。

2、数据比对

比对结果统计如下表:

    表2 比对结果统计

    Type

    Values 221020-4-2

    Values 21020-8-7-1

    Reads Mapped to Genome

    96.01%

    95.52%

    Reads Mapped Confidently to Genome

    80.77%

    81.7%

    Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions

    1.69%

    2.58%

    Reads Mapped Confidently to Intronic Regions

    15.62%

    29.15%

    Reads Mapped Confidently to Exonic Regions

    63.44%

    49.96%

    Reads Mapped Confidently to Transcriptome

    71.64%

    71.57%

    注: 

    Reads Mapped to Genomes:比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例;

    Reads Mapped Confidently to Genome:比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例;

    Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions:比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例;

    Reads Mapped Confidently to Intronic Regions:比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例;

    Reads Mapped Confidently to Exonic Regions:比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例;

    Reads Mapped Confidently to Transcriptome:比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。

3、分析统计

Cell分析统计如下:

    3 Cell统计

    Type

    Values 221020-4-2

    Values 21020-8-7-1

    Estimated Number of Cells

    7,104

    11,012

    Median UMI Counts per Cell

    7,261

    6,434

    Median Genes per Cell

    2,624

    2,678.5

    Total Genes Detected

    37,416

    41,208

    Sequencing Saturation

    73.22%

    65.99%

    Fraction Reads in Cells

    77.39%

    83.64%

    注:
    Estimated Number of Cells:检测到的细胞数;
    Median UMI Counts per Cell:每个cell的UMI中位数;
    Median Genes per Cell:每个cell中基因的中位数;
    Total Genes Detected:基因总数;
    Sequencing Saturation:测序饱和度;
    Fraction Reads in Cells:过滤后细胞reads数占总reads数比例。