百创智造
2022年8月25日
1、打开脚本文件 source(‘xxx’) #’xxx’脚本路径， 例如’C:/Users/R/Desktop/qq.R’ 2、创建Seurat对象并绘制空间聚类图 FilePath : 存放“barcode.tsv.gz、barcode_pos.tsv.gz、feature.tsv.gz、matrix.mtx.gz”的文件 […]
2022年8月3日
环境要求 R（Seurat，dplyr，tibble，ggplot2，getopt) Python3（numpy，cv2，pandas，seaborn，sys，getopt） spots 聚类 脚本：Seurat_for_bmkmanu_S1000.R 说明: seurat_for_bmkmanu_S1000.R [-[-indir|i] <character>] [-[-resolu […]
2022年8月3日
python，版本3.8及以上，下载地址：https://www.python.org/downloads/ 相关模块：numpy，cv2，pandas，seaborn，sys，getopt R及Rstudio安装，下载地址：https://cran.r-project.org/ 相关R包安装：Seurat，dplyr，tibble，ggplot2 matrix.mtx.gz,genes.tsv. […]
2022年7月15日
测序reads统计 测序reads统计如下表： 注： Number of Reads：reads总数； Valid Barcodes：包含有效Barcode的reads数 ； Valid UMIs：包含有效UMIs的reads数。 数据比对 比对结果统计如下表： 注： Reads Mapped to Genomes：比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例； Reads Mapped […]
2022年7月15日
V1.9更新内容： 1.调整reads比对策略，提升基因组比对率； 2.增加报告中流程版本号； 3.调整转录本比对计算策略，提升转录本比对率，建议直接更新至1.9版本。 #下载 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh #下载完成之后运行 sh Miniconda3-py39_4. […]
2022年6月21日
百创DG1000及配套耗材 单细胞测序技术自问世以来发展迅速，随之而来的是数量种类越来越多的单细胞平台。在今年的5月25日，百迈客上线了创新研发的单细胞平台百创DG1000，百创DG1000是基于微流控技术，油包水来实现单个细胞捕获。除了仪器以外，百创DG1000还有配套的2×4的独立芯片及配套试剂盒。 同时百创DG1000相对于国外主流平台而言，做到了一定程度上的突破与改进，具体对比如下： 目前 […]
2022年6月20日
百迈客生物经过多年技术沉淀，发布了其创新研发的单细胞微液滴系统—百创DG1000。正如中国科学院水生生物研究所何舜平研究员在百创DG1000发布会上提到的，单细胞测序是基因测序的创新性技术，其由于建库成本较高也是该技术不能走进普通实验室障碍，百创DG1000则很大程度上解决了单细胞测序成本高的问题，将会大大提升科研成果产出，让单细胞技术能够惠及更多的科研群体。 百创DG1000利用微流控、油滴包裹 […]
2022年6月8日
操作步骤 1）将官网下载到的BSTViewer_project文件夹数据（或者通过运行BSTMatrix 得到的BSTViewer_project 文件夹）存放到英文命名的文件夹之中；【包括各个级别分辨率矩阵文件，及BMChiper 或者官网下载的HE 染色图片】可以同时在此文件夹下边新建一个outdir 作为文件输出路径； 2）运行“BSTViewer V3.0正式版-WIN-64\BSTVie […]
2022年6月8日
生成矩阵 1.1 软件环境依赖 A)python：版本8及以上，安装cv2模块（4.0以上版本），matplotlib，seaborn，pandas（1.5.0以上版本），tifffile，Cellpose，Pyyaml，scikit-image，tqdm B)Star：版本6.1d及以上版本 C)perl：threads及 threads::shared 模块 D)Rscript：需要以下 R […]
2022年5月31日
测序平台 样本类型 插入片段大小 公开日期： 更新日期： 项目编号 组织类型 物种 测序平台 文库设计 文件 Row 1 col 1 content Row 1 col 2 content Row 1 col 3 content Row 2 col 1 content Row 2 col 2 content Row 2 col 3 content Demo数据展示： 样品编号 XIH 主流平台 数 […]