【精品推荐】百创S1000空间转录组芯片，分辨率可达到5 μm
S1000 Seurat分析流程
2022年8月3日
图1、亚细胞级微孔空间芯片百创S1000
2022年4月20日百迈客百创智造研发的亚细胞定位空间转录组学芯片–百创S1000成功上市了，百创S1000空间转录组芯片是基于微孔微珠上Spatial barcode实现对组织切片上捕获的mRNA分子检测空间位置上基因表达技术，该技术将空间组学分辨率提高至5 μm，而国外主流芯片制造还处于100 μm的分辨率，标志着全面迈入国产化的空间转录组的亚细胞技术时代。
百创S1000VS国外主流技术
百创S1000VS国外主流技术
1、分辨率可达到5 µm，实现亚细胞定位。
| 百创S1000 | 国外主流技术 |
| 百创S1000芯片将精度提高了大约400倍，分辨率可达到5 µm，能精准识别空间基因表达的异质性和组织区域的特异性。 | 主流的国外空间转录组测序芯片(分辨率：~100 μm) |
图2、百创S1000 亚细胞不同分辨率实测数据结果展示（样本：脑海马）
2、1~8个捕获芯片灵活使用，减少批次效应。
| 百创S1000 | 国外主流技术 |
| 百创S1000从芯片设计上进行了改革，满足客户灵活定制1~8个捕获区域，既节省了实验周期，也减少了批次效应。 | 主流空间转录组测序平台大多受到固定捕获区域（固定的4个捕获区域）的限制，必须集够4个样本后才能建库测序。 |
图3、百创S1000（左） 和主流技术（右）基因表达芯片图
3、支持HE染色，可保留最完整的组织形态。
百创S1000空间转录组测序兼容HE染色，可保留更高保真的组织形态图。
图4：百创S1000芯片HE染色结果对比图
4、更多的spot捕获点数、更大的捕获区域面积
| 百创S1000 | 国外主流技术 |
| 百创S1000芯片实现了每个捕获区域的面积为6.8×6.8mm2，可实现较大组织的空间表达分析；每个捕获区域包含>200万个spot捕获点，其分辨率可达到5 µm（spot 直径距离2.5µm，两个spot中心点间距为5µm），Spatial barcode微珠种类数约为6000万种。 | 主流空间转录组测序平台受到spot直径（55 µm）、spot点和点之间距离（100 µm）、捕获区域面积（6.5×6.5 mm2）等问题限制，整个区域只含有~5000个捕获点，分辨率达到100 µm。 |
图5：百创S1000芯片（上）和主流技术平台（下）芯片技术原理
5、支持多级分辨率水平分析，精准检测空间多层次结构
百创S1000芯片可实现100~5 μm等多个分辨率下的聚类分群，适用对组织切片进行不同分辨率下的空间区域分析。可以先在低分辨率下获得组织广域的空间表达，再换成高分辨率，精准识别边界区域的特定层空间。
图6：百创S1000实现亚细胞定位的原理结构图
总之，百创S1000主要的改进是基于微孔技术，将空间转录组学分辨率从国际通用的100 μm提高至5 μm，使得测量精度达到亚细胞水平。与国外主流技术芯片对比，百创S1000有以下几个特征：
表1百创S1000与国外主流技术芯片性能对比
除此之外，我们也提供配套的从下机原始数据到基因表达矩阵构建等一系列开源的、免费的工具包，包括一些简单的图片识别、表达矩阵合并、分辨率调整，可视化、聚类绘图等软件。且下机的原始数据，也完全匹配目前主流的软件，可拿来直接进行数据分析。
图7：百创S1000数据分析软件
