BMKMANU S1000空间转录组细胞分割Demo数据

百创智造S系列空间转录组细胞分割Demo下载

2023年7月21日

Bmk_Space_mapping.R Operating Process

2023年9月19日

Published by 百创智造 at 2023年7月24日

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百创S1000

数据相关统计

表1 测序Reads统计

Type	Number	Percent(%)
Number of Reads	337,531,256
Valid Barcodes	316,152,592	93.67
Valid UMIs	335,911,164	99.52
Final Valid Reads	316,136,080	93.66

表1 note说明：

Number of Reads：Reads总数；

Valid Barcodes：包含有效Barcode的Reads数；

Valid UMIs：包含有效UMIs的Reads数；

Final Valid Reads：同时包含有效barcode与UMI的最终Reads数。

表2 数据比对

Type	Percent(%)
Reads Mapped to Genome	97.38%
Reads Mapped Confidently to Genome	84.94%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions	1.64%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions	2.76%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions	80.53%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome	79.15%

表2 note说明：

Reads Mapped to Genomes：比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Genome：比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions：比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Intronic Regions：比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Exonic Regions：比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Transcriptome：比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。

Spots相关统计

Summary组织切片HE染色图组织UMI count统计图

**表3 Spots统计**
Tpyes	Values
Sequencing Saturation	87.97%
Percent of Spots Under Tissue	11.00%
Fraction Reads in Spots Under Tissue	91.21%

表3 note说明：

Sequencing Saturation：测序饱和度；

Percent of Spots Under Tissue：切片组织下Spots的比例；

Fraction Reads in Spots Under Tissue：切片组织下Reads的比例。

**表4 不同水平Spots统计**
Level	13 (100μm)	7 (50μm)	6 (42μm)	5 (35μm)	4 (27μm)	3 (20μm)	2 (10μm)	1 (5μm)
Number of SupSpots	562	2,075	2,888	4,310	7,102	13,851	37,548	213,000
Median Genes per SupSpot	9,082	4,841	3,962	3,053	2,137	1,284	551	111
Median UMI Counts per SupSpot	54,596	14,645	10,474	6,998	4,221	2,131	767	130
Total Genes Detected	29,175	29,170	29,182	29,181	29,175	29,191	29,190	29,196

表4 note说明：

Level：分辨率水平；

Number of SupSpots：一个或多个spot合并成的supspot个数；

Median Genes per SupSpot：每个SupSpot中基因数目的中位数；

Median UMI Counts per SupSpot：每个SupSpot的UMI中位数；

Total Genes Detected：基因总数。

分辨率水平说明：

supspot level与spot点数图

supspot level与spot点数图

**supspot level分辨率表**
SupSpot Level	分辨率	Spot点数
13	100μm	469
7	50μm	127
6	42μm	91
5	35μm	61
4	27μm	37
3	20μm	19
2	10μm	7
1	5μm	1

图1 组织切片HE染色图

图2 组织UMI count统计图

聚类分析

L13 cluster聚类图L7 cluster聚类图L5 cluster聚类图

图3 cluster聚类图

图3 cluster聚类图

图3 cluster聚类图

细胞分割

Summary组织切片荧光图组织切片HE分割图组织切片荧光分割图细胞分割聚类图

**表5 细胞分割统计**
Type	Value
Number of Cells	17,567
Median Genes per Cells	1,165
Median UMI Counts per Cells	1,786
Total Genes Detected	29,059

表5 note说明：

Number of Cells：分割得到的细胞数；

Median Genes per Cells：每个细胞中基因数目的中位数；

Median UMI Counts per Cells：细胞的UMI中位数；

Total Genes Detected：基因总数。

图4 组织切片荧光图

图5 组织切片HE分割图

图6 组织切片荧光分割图

图7 细胞分割聚类图