技术支持
2023年9月19日
Open the script file “`markdown source(‘xxx’) # ‘xxx’ script path, for example ‘C:/Users/R/Desktop/qq.R’ “` Create a Seurat object and generate a spatia […]
2023年7月24日
数据相关统计 表1 测序Reads统计 Type Number Percent(%) Number of Reads 337,531,256 Valid Barcodes 316,152,592 93.67 Valid UMIs 335,911,164 99.52 Final Valid Reads 316,136,080 93.66 表2 数据比对 Type Percent(%) Reads M […]
2023年7月21日
该文件包含2个内容，1）原始数据的下载方式；2）已经使用BSTMatrix分析完成的结果文件下载方式 1.原始数据下载 物种信息：小鼠脑嗅球 测序策略：Illumina Novaseq 6000 测序数据量：101G 下载链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/search/（Prject_ID：CRA011738） 2. BSTMatrix 分析结果下载 分析软件：BSTMatri […]
2023年7月21日
百创DG1000单细胞PBMC数据组 2023开年，百创智造重磅发布7个物种（牡蛎，许氏平鮋，黄颡鱼，鳖，鸡，大鼠，人）共计14个样品的PBMC数据，涵盖了无脊椎，鱼类，爬行，禽类，哺乳动物多个类型的物种。这一发布成果是国产单细胞平台发布的成体系的免费PBMC数据，可供任何科研人员免费下载使用【数据下载链接见文末】。 外周血单个核细胞（Peripheral blood mononuclear ce […]
2023年5月5日
【数据信息】 测序平台：Illumina 样本类型：小鼠睾丸切片 公开日期：2023/4/26 【Demo数据结果展示】 1、测序reads统计如下表： 表1 测序数据统计 Type Values Number of Reads 598,040,914 Valid Barcodes 569,325,963 Valid UMIs 592,672,836 注： Number of Reads：read […]
2022年11月23日
测序reads统计 测序reads统计如下表： Type Values Number of Reads 399,967,594 Valid Barcodes 339,047,468 Valid UMIs 395,738,572 注： Number of Reads：reads总数； Valid Barcodes：包含有效Barcode的reads数； Valid UMIs：包含有效UMIs的rea […]
2022年11月23日
Demo数据结果展示 1、测序reads数据统计 表1 测序数据统计 Type Values Number of Reads 432790558 Valid Barcodes 391592770 Valid UMIs 429025869 注： Number of Reads：reads总数； Valid Barcodes：包含有效Barcode的reads数 ； Valid UMIs […]
2022年9月27日
1. 软件依赖及安装 依赖： python： 版本9，安装cv2模块（4.0以上版本），Cython，numpy，seaborn模块 Minimap2 Samtools：版本2及以上 依赖的软件需要使用export添加到环境变量中，以实现流程的调用。 安装：在流程目录下运行以下命令 pip install ./bmk-ocean-stars 2. 输入数据准备 测序数据：ONT测序fastq数据（ […]
2022年8月25日
1、打开脚本文件 source(‘xxx’) #’xxx’脚本路径， 例如’C:/Users/R/Desktop/qq.R’ 2、创建Seurat对象并绘制空间聚类图 FilePath : 存放“barcode.tsv.gz、barcode_pos.tsv.gz、feature.tsv.gz、matrix.mtx.gz”的文件 […]
2022年7月15日
V1.9更新内容： 1.调整reads比对策略，提升基因组比对率； 2.增加报告中流程版本号； 3.调整转录本比对计算策略，提升转录本比对率，建议直接更新至1.9版本。 #下载 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh #下载完成之后运行 sh Miniconda3-py39_4. […]