BMKMANU S1000 小鼠睾丸 Demo数据结果展示

BMKMANU DG1000 人PBMC测序数据详情
2022年11月23日
百创智造S系列空间转录组细胞分割Demo数据结果展示
2023年7月5日

【数据信息】

测序平台:Illumina

样本类型:小鼠睾丸切片

公开日期:2023/4/26

【Demo数据结果展示】

1、测序reads统计如下表:

表1 测序数据统计

Type Values
Number of Reads 598,040,914
Valid Barcodes 569,325,963
Valid UMIs 592,672,836

注:
Number of Reads:reads总数;
Valid Barcodes:包含有效Barcode的reads数;
Valid UMIs:包含有效UMIs的reads数。

2、数据比对

表2 比对结果统计

Type Values
Reads Mapped to Genome 97.25%
Reads Mapped Confidently to Genome 90.34%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 5.08%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions 4.92%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions 80.34%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome 80.85%

注:
Reads Mapped to Genomes:比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Genome:比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions:比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions:比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions:比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例;
Reads Mapped Confidently to Transcriptome:比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。

3、图像处理

每个玻片上都有Spots,实验时被组织切片覆盖,但是切片只会覆盖到部分Spots,实验时也只会获得覆盖区域下Spots中的基因表达。

图1 组织切片HE染色图

4Spots统计

空间转录组的基因表达定量,主要基于UMI计数来实现的。通过UMI可以区分一条read是属于生物学重复还是技术重复,能够有效地去除PCR效应。对每个Barcode下的基因去除重复的UMI,统计unique UMI数目即表示细胞基因的表达量。分析统计如下:

表3 Spots统计

Type Values
Sequencing Saturation 50.55%
Percent of Spots Under Tissue 57.28%
Fraction Reads in Spots Under Tissue 73.70%

注:
Sequencing Saturation:测序饱和度;

Percent of Spots Under Tissue:切片组织下Spots的比例;

Fraction Reads in Spots Under Tissue:切片组织下Reads的比例。

表4 不同水平Spots捕获基因数统计

注:

Level:分辨率水平;

Number of SupSpots:一个或多个spot合并成的supspot个数;

Median Genes per SupSpot:每个SupSpot中基因数目的中位数;

Median UMI Counts per SupSpot:每个SupSpot的UMI中位数;

Total Genes Detected:基因总数。

图2 组织UMI count统计图