BMKMANU S1000 小鼠睾丸 Demo数据结果展示
BMKMANU DG1000 人PBMC测序数据详情
2022年11月23日
百创智造S系列空间转录组细胞分割Demo数据结果展示
2023年7月5日
【数据信息】
测序平台：Illumina
样本类型：小鼠睾丸切片
公开日期：2023/4/26
【Demo数据结果展示】
1、测序reads统计如下表：
表1 测序数据统计
| Type | Values |
| Number of Reads | 598,040,914 |
| Valid Barcodes | 569,325,963 |
| Valid UMIs | 592,672,836 |
注：
Number of Reads：reads总数；
Valid Barcodes：包含有效Barcode的reads数；
Valid UMIs：包含有效UMIs的reads数。
2、数据比对
表2 比对结果统计
| Type | Values |
| Reads Mapped to Genome | 97.25% |
| Reads Mapped Confidently to Genome | 90.34% |
| Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions | 5.08% |
| Reads Mapped Confidently to Intronic Regions | 4.92% |
| Reads Mapped Confidently to Exonic Regions | 80.34% |
| Reads Mapped Confidently to Transcriptome | 80.85% |
注：
Reads Mapped to Genomes：比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例；
Reads Mapped Confidently to Genome：比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例；
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions：比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例；
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions：比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例；
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions：比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例；
Reads Mapped Confidently to Transcriptome：比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。
3、图像处理
每个玻片上都有Spots，实验时被组织切片覆盖，但是切片只会覆盖到部分Spots，实验时也只会获得覆盖区域下Spots中的基因表达。
图1 组织切片HE染色图
4、Spots统计
空间转录组的基因表达定量，主要基于UMI计数来实现的。通过UMI可以区分一条read是属于生物学重复还是技术重复，能够有效地去除PCR效应。对每个Barcode下的基因去除重复的UMI，统计unique UMI数目即表示细胞基因的表达量。分析统计如下：
表3 Spots统计
| Type | Values |
| Sequencing Saturation | 50.55% |
| Percent of Spots Under Tissue | 57.28% |
| Fraction Reads in Spots Under Tissue | 73.70% |
注：
Sequencing Saturation：测序饱和度；
Percent of Spots Under Tissue：切片组织下Spots的比例；
Fraction Reads in Spots Under Tissue：切片组织下Reads的比例。
表4 不同水平Spots捕获基因数统计
注：
Level：分辨率水平；
Number of SupSpots：一个或多个spot合并成的supspot个数；
Median Genes per SupSpot：每个SupSpot中基因数目的中位数；
Median UMI Counts per SupSpot：每个SupSpot的UMI中位数；
Total Genes Detected：基因总数。
图2 组织UMI count统计图
