百创智造S系列空间转录组细胞分割Demo数据结果展示

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百创智造发布跨物种PBMC数据组,包含7个物种、14个样品!
2023年7月21日

细胞分割聚类图

数据相关统计

表1 测序Reads统计

Type Number Percent(%)
Number of Reads 1,338,426,735
Valid Barcodes 1,262,816,067 94.35​
Valid UMIs ​1,329,064,839​ 99.3​
Final Valid Reads 1,262,615,019 94.34​

表2 数据比对

Type Percent(%)
Reads Mapped to Genome 97.63%
Reads Mapped Confidently to Genome 91.24%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 5.49%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions 6.09%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions 79.66%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome 81.42%

Spots相关统计

Summary

表3 Spots统计

Tpyes Values
Sequencing Saturation 88.33%
Percent of Spots Under Tissue 39.00%
Fraction Reads in Spots Under Tissue 85.71%

表4 不同水平Spots统计

Level 13 (100μm) 7 (50μm) 6 (42μm) 5 (35μm) 4 (27μm) 3 (20μm)  2(10μm) 1 (5μm)
Number of SupSpots 1,991 7,357 10,263 15,315 25,227 49,148 133,376 724,620
Median Genes per SupSpot 8,787 4,377 3,566 2,740 1,929 1,160 498 106
Median UMI Counts per SupSpot 46,584 12,475 8,975 6,021 3,642 1,840 655 120
Total Genes Detected 37,427 37,421 37,419 37,423 37,422 37,419 37,422 37,423

组织切片HE染色图

图1 组织切片HE染色图

组织umi-count统计图

图2 组织UMI count统计图

▶分辨率水平说明

supspot level与spot点数图

supspot level与spot点数图

supspot level分辨率表

SupSpot Level 分辨率 Spot点数
13 100μm 469
7 50μm 127
6 42μm 91
5 35μm 61
4 27μm 37
3 20μm 19
2 10μm 7
1 5μm 1

 

聚类分析

l13-cluster聚类图

l7-cluster聚类图

l5-cluster聚类图

细胞分割

Summary

表5 细胞分割统计

Type Value
Number of Cells 137,671
Median Genes per Cells 645
Median UMI Counts per Cells 870
Total Genes Detected 37,319

组织切片荧光图

组织切片he分割图

组织切片荧光分割图

细胞分割聚类图