百创智造S系列空间转录组细胞分割Demo数据结果展示

S1000 Seurat分析流程

2022年8月3日

百创智造S系列空间转录组细胞分割Demo下载

2023年7月21日

发布者百创智造于 2023年7月5日

分类

空间转录组

标签

数据相关统计

表1 测序Reads统计

Type	Number	Percent(%)
Number of Reads	1,338,426,735
Valid Barcodes	1,262,816,067	94.35
Valid UMIs	1,329,064,839	99.3
Final Valid Reads	1,262,615,019	94.34

▶表1 note说明

Number of Reads：Reads总数；

Valid Barcodes：包含有效Barcode的Reads数；

Valid UMIs：包含有效UMIs的Reads数；

Final Valid Reads：同时包含有效barcode与UMI的最终Reads数。

表2 数据比对

Type	Percent(%)
Reads Mapped to Genome	97.63%
Reads Mapped Confidently to Genome	91.24%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions	5.49%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions	6.09%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions	79.66%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome	81.42%

▶表2 note说明

Reads Mapped to Genomes：比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Genome：比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions：比对到基因间区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Intronic Regions：比对到内含子区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Exonic Regions：比对到外显子区域的Reads在总Reads中占的比例；

Reads Mapped Confidently to Transcriptome：比对到已知参考转录本的Reads在总Reads中占的比例。

Spots相关统计

Summary

表3 Spots统计

Tpyes	Values
Sequencing Saturation	88.33%
Percent of Spots Under Tissue	39.00%
Fraction Reads in Spots Under Tissue	85.71%

▶表3 note说明

Sequencing Saturation：测序饱和度；

Percent of Spots Under Tissue：切片组织下Spots的比例；

Fraction Reads in Spots Under Tissue：切片组织下Reads的比例。

表4 不同水平Spots统计

Level	13 (100μm)	7 (50μm)	6 (42μm)	5 (35μm)	4 (27μm)	3 (20μm)	2(10μm)	1 (5μm)
Number of SupSpots	1,991	7,357	10,263	15,315	25,227	49,148	133,376	724,620
Median Genes per SupSpot	8,787	4,377	3,566	2,740	1,929	1,160	498	106
Median UMI Counts per SupSpot	46,584	12,475	8,975	6,021	3,642	1,840	655	120
Total Genes Detected	37,427	37,421	37,419	37,423	37,422	37,419	37,422	37,423

▶表4 note说明

Level：分辨率水平；

Number of SupSpots：一个或多个spot合并成的supspot个数；

Median Genes per SupSpot：每个SupSpot中基因数目的中位数；

Median UMI Counts per SupSpot：每个SupSpot的UMI中位数；

Total Genes Detected：基因总数。

组织切片HE染色图

图1 组织切片HE染色图

组织umi-count统计图

图2 组织UMI count统计图

▶分辨率水平说明

supspot level与spot点数图

supspot level与spot点数图

supspot level分辨率表

SupSpot Level	分辨率	Spot点数
13	100μm	469
7	50μm	127
6	42μm	91
5	35μm	61
4	27μm	37
3	20μm	19
2	10μm	7
1	5μm	1

聚类分析

l13-cluster聚类图

l7-cluster聚类图

l5-cluster聚类图

细胞分割

Summary

表5 细胞分割统计

Type	Value
Number of Cells	137,671
Median Genes per Cells	645
Median UMI Counts per Cells	870
Total Genes Detected	37,319

▶表5 note说明

Number of Cells：分割得到的细胞数；

Median Genes per Cells：每个细胞中基因数目的中位数；

Median UMI Counts per Cells：细胞的UMI中位数；

Total Genes Detected：基因总数。

组织切片荧光图

组织切片he分割图

组织切片荧光分割图

细胞分割聚类图