BSCMatrix v1.9环境搭建及使用

V1.9更新内容：

1.调整reads比对策略，提升基因组比对率；

2.增加报告中流程版本号；

3.调整转录本比对计算策略，提升转录本比对率，建议直接更新至1.9版本。

#下载

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

#下载完成之后运行

sh Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh

————> #按提示安装

#安装完成后执行以下命令

source ~/.bashrc

#帮助命令

conda list #查看当前环境下用conda安装的软件

conda remove fastqc # 删除该环境中的软件

conda remove -n rnaseq fastqc # 删除指定环境下的软件

conda update fastqc #升级指定的软件

conda update conda #升级conda本身

conda create -n (环境名) python=3.9

#激活创建的环境

conda activate (环境名)

#添加镜像源

conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config –add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

#查看镜像源

conda config –show-sources

#BSCMatrix

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple plotly

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple lz4

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple Cython

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple h5py

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple scipy

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple tables

pip3 install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple sklearn

cd BSCMatrix_v1.7/cellcalling/

python setup.py build_ext -i

conda install star=2.6.1d

conda install samtools

#输入数据准备

1）测序数据：双端测序 fastq 数据。

2）参考基因组数据：基因组序列文件，gtf 文件，gff 文件。

3）features.tsv 文件：可使用 gtf 文件生成，参考命令：perl ./tools/features_generate_v1.1.pl -i xxx.gtf -o features.tsv

4）STAR 基因组索引文件：可使用基因组序列文件和 gtf 文件生成，参考命令：

STAR –runThreadN 8 –runMode genomeGenerate –genomeDir star/ –genomeFastaFiles genome.fa –sjdbGTFfile gene.gtf

#配置文件编写

config.txt：

### 数据文件

## 测序数据：步骤 1、2 使用

FQ1 /path/to/read_1.fastq

FQ2 /path/to/read_2.fastq

## 参考基因组 STAR 索引文件、gff 文件：步骤 2 使用

INDEX /path/to/STAR/index/dir/

GFF /path/to/ref/gene/gff3/file

## features.tsv 文件：步骤 3 使用

FEATURE /path/to/features.tsv

## 输出目录及输出前缀

OUTDIR /path/to/result/dir/

PREFIX outfile-prefix

### 程序参数

## fastq2BcUmiSC

MinKmerNum 3 #最低匹配 kmer 数

## Umi2Gene

Sjdboverhang 100 #STAR 建库时使用的-sjdboverhang 参数值，默认 100

Threads 8 #STAR 比对线程数## QC

EC 3000 #期望细胞数

#流程运行

1）流程说明：

流程分为 5 个步骤，如下所示：

A）步骤 1：运行 fastq2BcUmiSC，识别 fastq 数据中的 barcode、umi。

B）步骤 2：运行 Umi2Gene，将 reads 与参考基因组比对，得到每个 UMI 对应的基因信息。

C）步骤 3：运行 MatrixMake，获得基因表达矩阵。

D）步骤 4：运行 QC，过滤基因表达数据与统计。

E）步骤 5：运行 WebReport，得到网页版报告。

2）流程参数：

-c config.txt 数据配置文件

-s 步骤选择，0 为运行 1-6 所有步骤，也可选择个别步骤单独运行，多个步骤中间使用“，”分割。

3）参考命令：

./BGTMatrix -c config.txt -s 0

./BGTMatrix -c config.txt -s 1,2,3,4,5

./BGTMatrix -c config.txt -s 1,2

报错

#1 权限报错

./BSCMatrix: Permission denied

#解决

chmod 755 ./BSCMatrix

#2 perl报错

BEGIN failed–compilation aborted

#解决

yum groupinstall perl*

注：分析过程中如遇到报错，请保留dos界面截图联系我们，百创智造将在第一时间与您进行联系解决。

联系我们